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蛋白质组学核心设施

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公告

澳门官方老葡京蛋白质组学中心使用最先进的仪器和方法提供全方位的蛋白质组学服务. 我们基于在生物质谱方面的丰富经验提供无与伦比的客户支持. 我们的服务范围从样品制备, 自下而上的蛋白质鉴定, 使用无标签和TMT多路复用策略定量表达水平, 天车分析, 2 d分馏, 以及自上而下的蛋白质组学分析. 我们的仪器在设计蛋白质组学实验方面提供了独特的灵活性，为您的项目提供最佳结果. 导演的核心, 杰森·埃文斯教授, 在质谱和蛋白质组学领域有超过25年的经验, 自2016年春季以来，我们一直服务于澳门新葡新京官方多名主要研究人员的蛋白质组学需求. 我们会花时间咨询您，了解您的需求，并制定最佳方案来分析您的样品, 这样你就能最大限度地利用结果数据. 我们非常努力地工作，以使我们的周转时间尽可能短. 除了, 作为澳门新葡新京官方的核心设施, 我们目前处于一个独特的位置，为员工少于10人的小企业提供75%的折扣，为员工少于50人的小企业提供50%的补贴 state of 马萨诸塞州创新券计划.

目录表

服务及定价

下面总结了核心提供的服务以及每个样本的成本. 所有价格均以美元显示，可能会有变动. 有关每项服务的更多信息，请单击相应的链接. 除了这些服务，核心还鼓励大型和探索性项目. Please contact us 讨论这些项目和定价. 

询问我们的 完整抗体鉴定包!

Service 内部(澳门新葡新京官方) Academia Industry*
提取与消化 $142 $283 $425
1D LC-MS (90 min. gradient) $177 $354 $531
2D-LC-MS $1629 $3258 $4888
完整蛋白分析 $71 $142 $213
TMT标记双工 $280 $422 $563
TMT标签6plex $762 $903 $1045
TMT标签10plex $1316 $1457 $1599
TMT标签16plex $1688 $1829 $1971
无标签定量 $71 $142 $213
小分子精确质量/CID $35 $71 $106
抗体特征 $921 $1842 $2763

*员工少于10人的初创企业和小型企业可获得75%的补贴，员工人数为11-50人的初创企业和企业可通过a 州代金券计划 由马萨诸塞州资助. 

提取与消化 

蛋白质组学核心将提取和消化您感兴趣的蛋白质使用 皮尔斯质谱样品准备试剂盒培养细胞 协议，除非另有说明. 

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1D-LC-MS(90分钟. Gradient) 

Typically, 这包括使用Easy-nLC 1200与90分钟数据相关的CID/ETD决策树方法运行的样本. 然而，在与核心协商时，可以讨论其他梯度和方法. 然后使用Thermo 蛋白质组发现者对原始数据进行处理. 

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2D-LC-MS 

这项服务适用于全细胞胰蛋白酶消化. 样品在UltiMate 3000 RS系统上使用高pH反相高效液相色谱分离成10个部分，每个部分使用90分钟决策树LC-MS方法进行分析. 原始数据将用Thermo 蛋白质组发现者进行处理. 使用这种方法，核心在HeLa细胞消化中识别超过12,000种蛋白质. 清单价格包括分析的总成本，而不仅仅是第一维分馏. 

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完整蛋白分析

蛋白质组学的核心将通过自上而下的LC/MS分析纯化的蛋白质样品, 采用高效液相色谱柱，通过高分辨率ETD/HCD质谱测定10-150 kDa的蛋白质. 这些数据将为您提供分子量确认，我们将能够评估蛋白质变体的存在并尝试定位PTM位点. 

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TMT标签

蛋白质组学核心会用TMT双工标记你的样品, 6plex, 10plex, 或者16路试剂取决于你的多路复用策略. 然后将样品组合并使用MS作为单个样品运行3 Orbitrap融合荧光三合一的能力. 使用CID (MS)将色氨酸片段化2 用HCD (MS)定量3 spectra). 定量数据在蛋白质组发现者结果文件中作为丰度值报告. 这些丰度值是通过识别每个光谱文件的最小检测定量值来确定每个PSM(肽谱匹配)的报告离子的. 肽丰度然后通过其相关和使用的PSM丰度的简单总和来确定. 蛋白质的丰度也是以类似的方式发现的, 使用简单的和其相关的和使用肽丰度. 

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无标签定量

蛋白质组学核心将提供经过处理的数据，包括由蛋白质组发现器确定的面积值. 蛋白质组发现者通过确定提取的离子色谱曲线下的最大PSM(肽谱匹配)面积来确定这些面积值. 然后将该区域设置为PSM所属肽群的区域. 蛋白质区域计算为与该蛋白质相关的前5个肽组区域的平均值. 

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小分子精确质量/CID

蛋白质组学核心可以为纯化小分子应用提供精确的质量和碎片数据. 下载 HRMS提交表格，为核心提供澳门官方老葡京你的小分子的详细信息。. 

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完全单抗鉴定

蛋白质组学核心可以提供抗体的完整表征. 这包括:完整的精确质量, 完整的去糖基化质量, 亚组分析, 去糖基化亚基分析, 和糖肽分析完成肽测序和糖形图. 

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开始使用iLab

蛋白质组学核心很高兴开始使用iLab, 一个在线系统，可以简化核心服务的计费过程 生物物理仪器核心 (BIC)设备和扫描电子显微镜(SEM). 邀请所有设施用户使用该系统, 哪一种需要一次性注册，如下所述. 一旦你注册了, 系统将使您能够提供所需的批准, 输入您的资金或PO号码, 完成并提交一份样本提交表格，并监督提交的进度.

注册帐户:

  • 填写注册表格 注册页面.
  • 收到一封来自iLab的欢迎电子邮件(通常在一个工作日内)和登录凭据.
  • 登录我们的化学核心页面 here.
  • 在右上角单击“Sign In”，应该会显示一个弹出窗口, 使用iLab凭据登录.点击iLab链接. 
  • 输入从iLab的欢迎邮件中收到的凭据.
  • 蛋白质组学核心工作人员的一名成员将输入商定的服务. 一旦添加，客户将能够审查服务并批准它们.
  • 准备好提交示例后，选择Request Services选项卡. 在这里，您可以要求样品提交服务或查看我们的价目表.
  • 启动样例提交请求, 点击样品提交(蛋白质组学)服务旁边的“启动服务”按钮.
  • 在向核心提交请求之前，您将被要求填写表格并提供您的请求的付款信息.
  • 你的请求将等待核心的审查. core会增加费用，然后反馈给你审批. 请务必关注来自iLab的澳门官方老葡京您的更新项目的电子邮件.

pi使用说明

如果您有使用核心服务的研究人员，您可能会收到希望加入您的小组的研究人员的电子邮件请求. 请求电子邮件将有澳门官方老葡京如何批准请求的具体说明. 如果你对这个过程感兴趣，我们在下面粘贴了说明.  如果您希望将这些通知/批准委托给财务经理，请发送电子邮件 iLab支持 上面写着你财务经理的名字 & email.

产品说明: 

  • 按此 log in
  • 您将使用您的iLab凭据登录.
  • 登录后，在左侧菜单中寻找“我的群组”链接。. 悬停并选择您的实验室.
  • 如果不希望批准低于特定金额的服务请求，请设置自动审批金额. To do this, 选择“Members”面板，在“Auto Pre-Approval”金额中输入一个美元金额，然后点击“save settings”.’
  • 要批准实验室成员申请，请选择“membership requests”选项卡. 新的会员申请将显示在这个页面的顶部. 点击“批准”接受一个成员进入您的实验室. 如果他们不是你实验室的成员，点击“拒绝”.

额外的帮助

更详细的说明可在实验室 helpsite. 如有任何问题，请点击右上角的“帮助”链接或联系 iLab支持.

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Equipment 

蛋白质组学的核心目前使用最先进的Orbitrap Fusion Lumos Tribird质谱仪，配有Easy-ETD升级，以及Easy-nLC 1200或UltiMate 3000RS HPLC. 核心使用Thermo Xcalibur程序套件来运行设备并分析原始数据文件. 对于自下而上的研究，核心使用Thermo 蛋白质组发现者来识别和/或量化客户样品中表达的蛋白质。. 对于自顶向下的研究，核心使用ProSightLite应用程序.

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一个典型的流程是什么样的

蛋白质组学核心工作努力确保高质量的结果和权宜的周转时间. 为此目的, 为了做到透明, 我们在下面分享了我们设想的一个典型的过程从头到尾包含的内容. 我们想指出的是，每个实验/调查都是独一无二的，因此客户应该期望他们与核心合作的个人流程能够量身定制，以满足他们的特定需求. 然而，大多数人会遵循以下事件的一般顺序:

  • 与核心进行初步咨询，可以亲自或通过电话. 这种咨询是为了把客户介绍给核心，把核心介绍给客户. 在初始会议期间，将讨论客户项目的总体范围以及分析样本的预期策略，以确保及时获得最高质量的数据.
  • 目前对. 在继续之前，客户和核心之间的后续对话可能需要确定细节. 
  • 签署蛋白质组学核心研究服务协议. Typically, 除了支付账户和需要客户姓名的赞助商框外，core将发送此表格并填写所有内容, title, email, 和电子签名(可在Adobe Acrobat中完成) tutorial). 本文件总结了核心要做的工作, 这项工作的成本, 以及资金将如何交换. 
  • 把样本送到堆芯. 这可以是亲自交付或样品可以通过邮件发送给我们.
  • 运行示例. 核心将按照研究服务协议运行样品. 核心和客户之间的沟通是至关重要的，因此任何问题或对商定的研究服务协议的必要修改将得到适当的讨论. 如果大量的样品被提交到岩心进行分析, 可能会发送来自核心的定期更新. 
  • 处理原始数据. 如果需要，内核将使用任意一种处理原始数据 蛋白质组发现者 (自下而上的蛋白质组学)或 ProSight Lite (自上而下的蛋白质组学). 
  • 将数据返回给客户端. 一旦数据收集和处理完成，核心将与客户合作，确保他们的数据安全地返回给他们. 这可以通过亲自访问校园或电子方式(通过电子邮件或上传到云端)来完成。. 核心可以作为蛋白质组发现者 (.如果客户端有访问蛋白质组发现者或作为Excel电子表格的pdResult)文件. 有关解释处理过的数据的帮助，请参阅有用定义页面. 
  • 退出磋商. 一旦工作完成，客户有一些时间来审查数据, 客户和核心之间至少还会有一次咨询. 这次会议的目的是讨论数据, 评估客户的整体满意度, 并解决客户可能有的任何问题或担忧. 

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有用的定义

这些有用的定义有助于理解蛋白质组发现者 (PD)的输出. 使用下面的链接或在Windows上使用Ctrl-F(或在Mac上使用Cmd-F)浏览此页面。. 

来源:蛋白质组发现者 2.1.0.81帮助目录. 

  • Proteins
  • 肽组
  • PSMs

Proteins

蛋白质FDR信心

由错误发现率(FDR)决定的鉴定蛋白的置信度. 在核心高置信度(绿色)使用的最常见工作流中，FDR为1%, 中等置信度(黄色)的FDR为5%, 低(红色)的FDR为10%. 这可以解释为99%的高置信度命中, 95%准确度, 低是90%的准确率. 

Master

表示该蛋白是否为某一蛋白群的主蛋白. 

Accession

所鉴定蛋白的唯一标识符由FASTA数据库使用. 核心将交替使用UniProt和Swiss-Prot. 

描述

与加入标识符相关联的蛋白质的名称. 

Exp. q-value

由验证得到的实验q值. 这些是根据目标蛋白和诱饵蛋白的数量计算出来的，是被认为是正确命中所需的最小错误发现率. 对于我们常见的工作流，q值大于0.01为高可信度命中，0.中等信心指数为05. 

PEP总分

该分数是根据(肽谱匹配)psm的后验误差概率(PEP)值计算得出的. PEP是观测到的PSM不正确的概率.

Coverage

被鉴定的多肽所覆盖的蛋白质的百分比.

#PSMs

所鉴定蛋白质的所有肽(包括冗余肽)的肽谱匹配(pms)的数量.

区域(如适用)

所鉴定蛋白质的每个PSM肽在提取的离子色谱下的面积之和. 

丰度(如适用) 

用TMT标记样品, 丰度值表示每个TMT报告离子在样品中发现的蛋白质量. 蛋白质组发现者在PSM(肽谱匹配)水平上确定丰度值. 这些是肽丰度的总和. 然后将多肽的丰度相加得出蛋白质水平上的丰度. 

emPAI 

指数修饰蛋白丰度指数(emPAI)是一种简单的蛋白质丰度测量方法，基于该蛋白质的鉴定肽的数量. 它与样品中蛋白质的绝对含量有关. 

分数请求

蛋白质的分数是通过将每个肽的个体分数相加而计算出来的. 这个分数越高, 肽的个体得分越高, 这样识别就越好. 是所使用的搜索引擎的名称. 

#肽序列HT

鉴定蛋白中不同肽序列的数目. 是所使用的搜索引擎的名称. 

回到定义

肽组

Confidence

与肽群识别相关的置信水平. 绿色圆圈表示高置信度, 黄色圆圈表示中等置信度, 红色圆圈表示置信度低. 

Qvality PEP 

这个分数是根据psm(肽谱匹配)的(后验误差概率)PEP值计算出来的。. PEP是观测到的PSM不正确的概率. 质量是使用的搜索节点. 

Qvality核反应能量

由验证得到的实验q值. 这些是根据目标蛋白和诱饵蛋白的数量计算出来的，是被认为是正确命中所需的最小错误发现率. 对于我们常见的工作流，q值大于0.01为高可信度命中，0.中等信心指数为05. 

区域(如适用)

所鉴定的每个PSM肽在提取离子色谱下的面积之和. 

丰度(如适用) 

用TMT标记样品, 丰度值表示每个TMT报告离子在样品中发现的蛋白质量. 蛋白质组发现者在PSM(肽谱匹配)水平上确定丰度值. 这些是肽丰度的总和.  

XCorr请求HT

表示具有相同前体质量的两种不同肽共有的片段离子数量的分数，并计算搜索中所有候选肽的相互关系(XCorr). 换句话说, XCorr分数衡量实验肽片段与理论光谱的拟合程度. 一般来说，XCorr值大于2被认为是有利的. 任何XCorr小于2的标识都应进一步分析以确定拟合优度. 

回到定义

肽谱匹配

Confidence

与肽序列鉴定相关的置信水平. 绿色圆圈表示高置信度, 黄色圆圈表示中等置信度, 红色圆圈表示置信度低. 

PSM模棱两可

PSM的分组状态. 选项包括:

  • 无歧义:此PSM是唯一匹配，没有歧义
  • 选择:该PSM是从一组许多匹配中选择的，它考虑用于蛋白质组干扰过程. 
  • 被拒绝:这个PSM从一组被考虑的许多匹配中被拒绝. 
  • 歧义:两个或两个以上的psm被认为属于同一光谱，并且无法区分. 
  • 未考虑:由于蛋白组干扰，PSM不被认为是匹配的. 

deltaScore

由特定光谱确定的肽的最高分数之间的差异的度量.

deltaCn

所选PSM与该频谱中得分最高的PSM之间的归一化得分差. . 

Percolator核反应能量

由验证得到的实验q值. 这些是根据目标蛋白和诱饵蛋白的数量计算出来的，是被认为是正确命中所需的最小错误发现率. 对于我们常见的工作流，q值大于0.01为高可信度命中，0.中等信心指数为05. 

挪用公款者PEP 

该分数是根据肽谱匹配(psm)的后验误差概率(PEP)值计算的。. PEP是观测到的PSM不正确的概率. 

回到定义 返回导航

Contact Us

核心导演 

杰森·埃文斯博士
澳门新葡新京官方
办公室:ISC 03-3410
莫里西大道100号
波士顿，马萨诸塞州02125
电话:617.287.6149
Email: Proteomics.Core@oh9988.com 

堆芯位置

综合科学大楼3楼3341室 & 3640

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